В первую вошли «Бешикташ» (Турция), «Ховентуд» (Испания), «Триумф» (Россия), «Динамо» (Россия), «Памеса» (Испания), «Гран Канария» (Испания), «Туров» (Польша), «Жирона» (Испания). Во второй группе - «Бенеттон» (Италия), «Турк Телеком» (Турция), «Химки» (Россия), «Галатасарай» (Турция), «Будучность» (Черногория), БК «Киев» (Украина), «Задар» (Хорватия), «Вентспилс» (Латвия). Третью образовали «Асвел» (Франция), «Телиндус» (Бельгия), «Лукоил Академик» (Болгария), «Гемофарм» (Сербия), «Азовмаш» (Украина), «Црвена Звезда» (Сербия), «Кельн 99» (Германия), УНИКС (Россия). И наконец, в четвертой - «Панионис» (Греция), «Сванс Гмунден» (Австрия), «Босна» (Босния), «Вроцлав» (Польша), «Нимбурк» (Чехия), «Элан Шалон» (Франция), «Хапоэль И» (Израиль), «Артланд Драгонз» (Германия).
Команды первой группы сыграют с командами четвертой, соответственно, второй с третьей. Таким образом, соперником УНИКСа в 1/16 финала будет одна из команд второй группы за исключением «Задара», с которым УНИКС играл в групповом турнире.