Ученый совет музея существует с 1939 года, в его состав входят ведущие ученые Института истории им. Ш.Марджани, Института языка, литературы и истории им. Г.Ибрагимова, Института археологии им. А.Х.Халикова, Академии наук РТ, Казанского федерального университета и других образовательных учреждений. 

Генеральный директор Национального музея РТ Гульчачак Назипова отметила, что долгосрочная стратегия развития музея до 2030 года включает в себя завершение полной реконструкции комплекса Гостиного двора, где располагается музей, создание современного фондохранилища с системой открытых фондов. 

О реконструкции музеев, научно-практических конференциях, новых выставочных проектах, внедрении в музейное дело современных мультимедийных технологий подробно рассказала заместитель генерального директора по научно-исследовательской работе Национального музея РТ Светлана Измайлова. В 2016 году одним из важных направлений стали научно-проектные работы, связанные с Литературным музеем Г.Тукая, Музеем истории татарской литературы, мемориальной квартирой Шарифа Камала. В рамках партнерства Национального музея РТ с отелем «Ногай» была разработана концепция и создан комплекс литературных экспозиций, которые знакомят с судьбой и творчеством известных татарских писателей. 

Помимо основной деятельности Национальный музей РТ стал основным разработчиком научной концепции музейного комплекса «Адмиралтейская верфь», который создается на историческом местоположении Казанского адмиралтейства на территории Кировского района города. При работе над проектом членам творческой группы удалось познакомиться с экспозициями российских музеев, посвященных судостроению и флоту, а также выявить ряд важнейших материалов, касающихся Адмиралтейской слободы, в архивах Казани, Москвы и Санкт-Петербурга. Музейный комплекс будет включать Музей Казанского адмиралтейства и музей-галеру «Тверь», береговой маяк со смотровой площадкой и пушкой для полуденного выстрела, а также производственные объекты, ранее входившие в состав исторического адмиралтейства, - ветряную и водяную мельницы, пильную мастерскую, кузницу и другие объекты. 

Доктор исторических наук, профессор, вице-президент Российского комитета Международного совета по охране памятников и достопримечательных мест (ИКОМОС), руководитель кафедры ЮНЕСКО Рафаэль Валеев отметил еще одну важную миссию музеев. Именно музеи - настоящая кузница квалифицированных специалистов в области охраны культурного наследия. Сейчас, когда полным ходом идет возрождение Болгара и Свияжска, такие специалисты очень востребованы.