При анализе базы данных застрахованных лиц действительно выявляются случаи, когда застрахованное лицо имеет два и более страховых свидетельств с разными страховыми номерами.
Причины возникновения множественной регистрации бывают разные. Например:
- при смене каких-либо паспортных данных не был произведен обмен страхового свидетельства, а была оформлена другая анкета на открытие нового лицевого счета; 
- застрахованное лицо не предъявило страховое свидетельство при заключении трудового договора или договора гражданско-правового характера, вследствие чего работодатель самостоятельно представил анкетные данные работника в ПФР для открытия нового лицевого счета, не соответствующие данным имеющегося страхового свидетельства. 

В ходе регистрации на портале госуслуг РФ выяснилось, что у меня два страховых свидетельства с разными страховыми номерами. Что мне нужно предпринять? 
Аркадий 

Если у вас оказалось два или более страховых свидетельств обязательного пенсионного страхования с разными номерами индивидуальных лицевых счетов, необходимо обратиться в УПФР по месту жительства, имея при себе документ, удостоверяющий личность, и все страховые свидетельства. Специалист Пенсионного фонда сверит анкетные данные в страховых свидетельствах с паспортными данными обратившегося гражданина и базой данных индивидуального персонифицированного учета.

На основании проведенного анализа представленных документов принимается решение о принадлежности индивидуального лицевого счета именно вам, и далее вам будет предложено заполнить заявление об объединении индивидуальных лицевых счетов. При заполнении заявления необходимо указать номера всех страховых свидетельств, а также главный (основной) индивидуальный лицевой счет с номером, на котором будет объединена информация с других счетов. Кроме того, вам будет необходимо сообщить главный (основной) номер индивидуального лицевого счета работодателям - как по основному месту работы, так и по совместительству.