В управлении Пенсионного фонда России в Вахитовском районе г. Казани пояснили, необходимо только предъявить военный билет, подтверждающий военную службу по призыву, как нестраховой период, по которому начисляется 1,8 индивидуального пенсионного коэффициента при назначении страховой пенсии. Если при представлении военного билета вам этот период все же не был учтен, то, вероятнее всего, в нем были какие-либо неточности. Но этот вопрос решаем, необходимо обратиться в военкомат за подтверждающим документом. 

И последнее. Из вашего вопроса неясно, являетесь ли вы пенсионером другого ведомства (обороны, МВД). Если являетесь, то при расчете второй пенсии по линии ПФР (страховой пенсии по старости) период военной службы по призыву, действительно, не должен учитываться.