Основу музейных фондов составила коллекция казанского коллекционера, археолога и нумизмата Андрея Федоровича Лихачева и экспонаты научно-промышленной выставки 1890 года. У истоков создания музея стояли ученые Казанского университета, меценаты и благотворители.
Национальный музей РТ - крупнейший научный центр. На данный момент в его фондах находится более 940 тысяч предметов. Это уникальные коллекции, которые природное и культурно-историческое развитие Татарстана, наследие древнейших мировых цивилизаций.
Как сообщает пресс-служба Национального музея РТ, сейчас в музее идет работа над подготовкой новой экспозиции, которая будет приурочена 100-летию со дня образования ТАССР. Также намечена масштабная реконструкция фондохранилища музея – создание «Открытых фондов». В «Открытых фондах» можно будет увидеть коллекции, которые до сих пор хранились в фондах и познакомиться со спецификой фондовой и реставрационной работы.